1999年萧亚轩发行首张专辑《萧亚轩同名专辑》在中国台湾销售超过50万张，是1999年台湾唱片销量冠军；同年，elva在EMI全球的年度大会上，取代了宇多田，成为“销售冠军新秀”。
2000年萧亚轩发行第二张专辑《
红蔷薇》并于8月26日在台湾台北市立体育场举办个人第一场售票演唱会“夏日蔷薇演唱会”。凭借两张专辑，萧亚轩成为由IFPI认证（1999-2000）全球华语唱片最高销量歌手并获得1999年至2000年度世界音乐大奖(TheWorldMusicAwards）“全球年度销售最佳华语歌手”。
2001年萧亚轩发行第三张专辑《
明天》，并在香港红|体育馆举办两场“夏日的精彩”演唱会。成为继张惠妹后，第二位登上红|体育馆举办演唱会的中国台湾女歌手。同时她还担任潘婷洗发水大中华地区代言人。
2002年萧亚轩发行了第四张专辑《4U》和第五张专辑《爱的主打歌・吻》并于8月30和31日连续在香港红|体育馆举办两场“闪耀萧亚轩”演唱会，并成为雪碧饮料大中华地区代言人。
2003年，萧亚轩重回台北市立体育场举办“2003Up2U台北演唱会”，并于5月16日发行个人第六张专辑《爱上爱》；继玛丹娜后，萧亚轩也和Hinet协作，成为华人乐坛首创付费下载的第一位歌手-2003年数位单曲《
我就是我》。12月30日发行个人第七张专辑《第5大道》。
2004年5月萧亚轩与维京唱片解约，维京唱片在2004年7月16发行萧亚轩第一张精选《首选萧亚轩…美丽的插曲》，尔后，萧亚轩与经纪人陈香君共同筹组新的经纪公司万力达娱乐。
2005年3月23日，萧亚轩与华纳音乐签订唱片合约，但一年内未发行专辑，因而合约失效；2006年10，新任总经理刘天健与萧亚轩和经纪人陈香君达成共识，以1亿2000万元签约金和预付版税，再度和华纳音乐签约，并于12月22日发行新专辑《1087》；在发片前夕，萧亚轩于PUB拍摄第四支MV《代言人》时，热舞造成左脚踝韧带断裂，当场不支倒地，送医急诊。打上石膏的萧亚轩仍坚持发片宣传，但最终在妈妈的强硬要求下，不得不搁置宣传，赴外治疗。
2008年4月22日，萧亚轩再次签约维京音乐（现已改为金牌大风），并于2008年6月15日发行第9张专辑《3面夏娃》。
2009年10月9日，萧亚轩发行出道十年，第十张专辑《钻石糖》，12月31日首次在台北小巨蛋举办售票演唱会，"E!VA萧亚轩WOW世界巡回演唱会"在台北正式开始展开巡回。
2010年9月，金牌大风以新台币1亿2000万元（约合人民币3000万）的签约金，以及价值7000万元的10克拉钻戒套牢萧亚轩，双方再续签2年约。9月24日，发行第11张专辑《萧洒小姐》在专辑中，萧亚轩参与创作了5首词、2首曲，同时尝试制作2首自己的全创作。
2011年2月14日，受JamieFoxx邀请参加第53届葛莱美奖颁奖典礼，一起走星光大道，成为首位站上葛莱美红毯的台湾歌手。2011年12月23日，萧亚轩发表第12张国语大碟《我爱我》，并首拍爱情微电影《100分的吻》配合专辑宣传。2012年12月21日，发行《SuperGirl爱无畏》新歌+精选。
2013年8月1日，萧亚轩于北京财富中心签约加盟索尼音乐，收获索尼音乐订购的以ELVAHSIAO命名的行星为见面礼，并制定“星球大战之五星计划”。
